Shrek, un ogre verdâtre, cynique et malicieux, a élu domicile dans un marécage qu'il croit être un havre de paix. Un matin, alors qu'il sort faire sa toilette, il découvre de petites créatures agaçantes qui errent dans son marais.Shrek se rend alors au château du seigneur Lord Farquaad, qui aurait soit-disant expulsé ces êtres de son royaume. Ce dernier souhaite épouser la princesse Fiona, mais celle-ci est retenue prisonnière par un abominable dragon.Il lui faut un chevalier assez brave pour secourir la belle. Shrek accepte d'accomplir cette mission. En échange, le seigneur devra débarrasser son marécage de ces créatures envahissantes.Or, la princesse Fiona cache un secret terrifiant qui va entraîner Shrek et son compagnon l'âne dans une palpitante et périlleuse aventure. 

Devenus de jeunes mariés, Shrek et Fiona rentrent de leur heureuse lune de miel. Ils sont invités par les parents de Fiona à venir dîner dans leur royaume, à Far Far Away. Mais ils ne se doutent pas que leur fille est devenue une ravissante ogresse...Ce mariage met par ailleurs en péril l'avenir et les projets les plus secrets du Roi... 

L'ogre Shrek n'avait pas quitté son marécage pestilentiel et épousé sa chère Fiona pour devenir roi. C'est pourtant ce qui risque de lui arriver après que son beau-père Harold clabote soudain sans crier gare. S'il n'arrive pas à dénicher illico un roi avec l'aide de ses fidèles compagnons, l'Âne et le Chat Potté, Shrek deviendra le prochain souverain du Royaume Fort Fort Lointain. Bonjour les ennuis !À moins qu'Artie, le cousin loser de Fiona, ne se laisse convaincre de monter sur le trône à sa place. Mais ce paumé a-t-il vraiment l'étoffe d'un roi ? 

Après avoir vaincu un méchant dragon, sauvé une belle princesse et le royaume de ses parents, que peut encore faire un ogre malodorant et mal léché ? Domestiqué, assagi, Shrek a perdu jusqu'à l'envie de rugir et regrette le bon vieux temps où il semait la terreur dans le royaume. Aujourd'hui, tel une idole déchue, il se contente de signer des autographes à tour de bras. Trop triste...C'est alors que l'habile et sournois Tracassin lui propose un contrat. Shrek se retrouve soudain transporté dans un monde parallèle totalement déjanté où les ogres sont pourchassés, où Tracassin est roi, où Fiona et son bien-aimé ne se jamais rencontrés...Shrek va-t-il réussir à déjouer le sortilège, à repasser de l'autre côté du miroir, à sauver ses amis, à retrouver son monde et reconquérir l'amour de sa vie ?