Trois ans après la fin de FFVII, de mystérieux soldats crées par le défunt président de la Shin-Ra et jusqu'alors piégés dans les profondeurs, les Deep Ground Soldiers, parviennent à se libérer et viennent troubler la tranquillité de la petite ville de Kalm.
Il semblerait qu'ils soient à la recherche de Vincent Valentine, le seul qui connaisse l'emplacement d'Oméga, une arme destructrice...